feat(wave): #119/#122/#131/#132 verts + sprint plugins ESM/persistance #135/#136/#139

État d'intégration confiné à la branche batch. Les tickets #119 (skills →
capacités agent découvrables), #122 (override permissions par défaut), #131
(effort par agent/presets) et #132 (outil MCP d'édition du contexte projet)
sont verts en périmètre. Le sprint plugins multi-fichiers ESM / persistance
plugin-owned (#135/#136/#139) est co-implémenté dans les MÊMES fichiers de
câblage (frontend/src/ports/index.ts, backend/src/lib.rs, domain/ports.rs,
backend/dto.rs), inséparable sans staging interactif (indisponible ici).

Commit unique volontaire : préserve l'état vert QA sans découpe hunk risquée.
NON mergé vers develop tant que #137 (QA e2e plugins) n'est pas vert.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com>

crates/application/tests/permission_usecases.rs

@@ -9,7 +9,10 @@ use domain::ids::{AgentId, ProjectId};
 use domain::ports::{PermissionStore, StoreError};
 use domain::project::{Project, ProjectPath};
 use domain::remote::RemoteRef;
-use domain::{PermissionSet, Posture, ProjectPermissions};
+use domain::{
+    Capability, Effect, PermissionRule, PermissionSet, PermissionShadowReport, Posture,
+    ProjectPermissions,
+};
 
 #[derive(Default)]
 struct FakePermissionStore {
@@ -125,4 +128,69 @@ async fn resolve_agent_permissions_returns_effective_policy() {
         .unwrap();
 
     assert_eq!(out.effective.unwrap().fallback(), Posture::Ask);
+    assert_eq!(out.shadowed, PermissionShadowReport::default());
+}
+
+#[tokio::test]
+async fn resolve_agent_permissions_reports_shadowed_alongside_unchanged_effective() {
+    let agent = AgentId::new_random();
+    let store = Arc::new(FakePermissionStore {
+        doc: Mutex::new(ProjectPermissions::new(
+            Some(PermissionSet::new(
+                vec![PermissionRule::bash(Effect::Deny, vec![])],
+                Posture::Ask,
+            )),
+            vec![domain::AgentPermissionOverride::new(
+                agent,
+                PermissionSet::new(
+                    vec![PermissionRule::bash(Effect::Allow, vec![])],
+                    Posture::Ask,
+                ),
+            )],
+        )),
+        saves: Mutex::new(0),
+    });
+    let use_case = ResolveAgentPermissions::new(store);
+
+    let out = use_case
+        .execute(ResolveAgentPermissionsInput {
+            project: project(),
+            agent_id: agent,
+        })
+        .await
+        .unwrap();
+
+    assert!(out.shadowed.execute_bash);
+    assert_eq!(out.effective.unwrap().decide_bash("ls"), Posture::Deny);
+}
+
+#[tokio::test]
+async fn resolve_agent_permissions_shadowed_defaults_when_no_agent_override() {
+    let agent = AgentId::new_random();
+    let store = Arc::new(FakePermissionStore {
+        doc: Mutex::new(ProjectPermissions::new(
+            Some(PermissionSet::new(
+                vec![PermissionRule::file(
+                    Capability::Read,
+                    Effect::Deny,
+                    domain::PathScope::new(["**".to_owned()]).unwrap(),
+                )
+                .unwrap()],
+                Posture::Deny,
+            )),
+            vec![],
+        )),
+        saves: Mutex::new(0),
+    });
+    let use_case = ResolveAgentPermissions::new(store);
+
+    let out = use_case
+        .execute(ResolveAgentPermissionsInput {
+            project: project(),
+            agent_id: agent,
+        })
+        .await
+        .unwrap();
+
+    assert_eq!(out.shadowed, PermissionShadowReport::default());
 }