feat(agents,plugins): surface unifiée Capacités de l'agent — skills et tools MCP natifs + plugins #296 (domain: PluginMcpToolMetadata dans PluginMcpServerContribution, validation hôte alignée SDK — name requis non vide, description optionnelle non vide, doublons rejetés; application: McpToolPermissionCatalogue.vue structurée additive tools {name, description, access read|writeAction} enrichie des descriptions canoniques infrastructure orchestrator mcp tools, use case SetAgentMcpToolAllowed — toggle atomique idempotente d'un tool natif dans l'allowlist explicite d'un agent, refus unknown tool sans mutation, overrides vides retirés; backend DTO: catalogue.tools additive + SetAgentMcpToolAllowedRequestDto, wire camelCase; app-tauri + web-server: commande set_agent_mcp_tool_allowed; frontend: AgentPluginCapabilities devient la surface unifiée — skills natifs assign/unassign, tools natifs via setAgentMcpToolAllowed (catalogue structuré avec fallback legacy), skills/tools plugins avec metadata statiques mcpServers[].tools et saisie manuelle fallback pour serveurs sans catalogue, tombstones indisponibles, bannière redémarrage requis si agent actif; AgentsPanel retire l'ancienne section Skills séparée au profit de la surface unifiée; ProjectPluginsPanel recentré enable/disable avec renvoi Capacités des agents; adapters Tauri/HTTP/mock + permission.test.ts; QA verte reconfirmée par Git: application mcp_tool_permissions 5/5 + plugin::tests 37/37, backend ciblés 3/3 + checks domain/application/backend, app-tauri dto 33/33 + dto_agents 30/30 + dto_plugins 2/2, check web-server, npm test 35/35 + 65/65, npm run build; suites complètes rouges classées non bloquantes par QA: web-server parallèle too many open files + 7 PTY série passant individuellement, frontend 32 échecs sur 6 fichiers web non modifiés reproduits isolément)

crates/app-tauri/src/commands.rs

@@ -27,10 +27,11 @@ use application::{
     ReadMemoryIndexInput, ReadProjectContextInput, RecallMemoryInput, ReconcileLayoutsInput,
     ReconcileLiveStateInput, RenameDeviceInput, RenameLayoutInput, ResolveAgentPermissionsInput,
     ResolveAgentSystemPermissionsInput, ResolveMemoryLinksInput, RevokeDeviceInput,
-    RotateConversationLogInput, SaveChatDraftInput, SetActiveLayoutInput, SlashCommandEffect,
-    SnapshotRunningAgentsInput, StopLiveAgentInput, SyncAgentWithTemplateInput,
-    UnassignSkillFromAgentInput, UpdateAgentContactableInput, UpdateAgentContextInput,
-    UpdateAgentEffortInput, UpdateAgentMcpToolPermissionsInput, UpdateAgentPermissionsInput,
+    RotateConversationLogInput, SaveChatDraftInput, SetActiveLayoutInput,
+    SetAgentMcpToolAllowedInput, SlashCommandEffect, SnapshotRunningAgentsInput,
+    StopLiveAgentInput, SyncAgentWithTemplateInput, UnassignSkillFromAgentInput,
+    UpdateAgentContactableInput, UpdateAgentContextInput, UpdateAgentEffortInput,
+    UpdateAgentMcpToolPermissionsInput, UpdateAgentPermissionsInput,
     UpdateAgentSystemPermissionsInput, UpdateMemoryInput, UpdateProjectContextInput,
     UpdateProjectMcpToolPermissionsInput, UpdateProjectOrchestratorInput,
     UpdateProjectPermissionsInput, UpdateProjectSystemPermissionsInput, UpdateSkillInput,
@@ -74,10 +75,10 @@ use crate::dto::{
     ResolveAgentSystemPermissionsRequestDto, ResolvedAgentSystemPermissionsDto,
     ResumableAgentListDto, SaveChatDraftRequestDto, SaveEmbedderProfileRequestDto,
     SaveModelServerRequestDto, SaveOpenCodeProviderProfileRequestDto, SaveProfileRequestDto,
-    SetActiveLayoutRequestDto, SetActiveLayoutResultDto, SkillDto, SkillListDto,
-    SlashCommandEffectDto, SlashCommandListDto, StopLiveAgentRequestDto, StopLiveAgentResponseDto,
-    SyncAgentWithTemplateRequestDto, SyncResultDto, TemplateDto, TemplateListDto,
-    TerminalClosedDto, TerminalSessionDto, TurnPageDto, UnassignSkillRequestDto,
+    SetActiveLayoutRequestDto, SetActiveLayoutResultDto, SetAgentMcpToolAllowedRequestDto,
+    SkillDto, SkillListDto, SlashCommandEffectDto, SlashCommandListDto, StopLiveAgentRequestDto,
+    StopLiveAgentResponseDto, SyncAgentWithTemplateRequestDto, SyncResultDto, TemplateDto,
+    TemplateListDto, TerminalClosedDto, TerminalSessionDto, TurnPageDto, UnassignSkillRequestDto,
     UpdateAgentContactableRequestDto, UpdateAgentContextRequestDto, UpdateAgentEffortRequestDto,
     UpdateAgentMcpToolPermissionsRequestDto, UpdateAgentPermissionsRequestDto,
     UpdateAgentSystemPermissionsRequestDto, UpdateMemoryRequestDto, UpdateProjectContextRequestDto,
@@ -984,6 +985,26 @@ pub async fn update_agent_mcp_tool_permissions(
         .map_err(ErrorDto::from)
 }
 
+/// Atomically adds or removes one native MCP tool from an agent override.
+#[tauri::command]
+pub async fn set_agent_mcp_tool_allowed(
+    request: SetAgentMcpToolAllowedRequestDto,
+    state: State<'_, AppState>,
+) -> Result<ProjectMcpToolPermissionsDto, ErrorDto> {
+    let project = resolve_project(&request.project_id, &state).await?;
+    state
+        .set_agent_mcp_tool_allowed
+        .execute(SetAgentMcpToolAllowedInput {
+            project,
+            agent_id: parse_agent_id(&request.agent_id)?,
+            tool_name: request.tool_name,
+            allowed: request.allowed,
+        })
+        .await
+        .map(ProjectMcpToolPermissionsDto::from)
+        .map_err(ErrorDto::from)
+}
+
 // ---------------------------------------------------------------------------
 // Terminals (L3)
 // ---------------------------------------------------------------------------

crates/app-tauri/src/lib.rs

@@ -271,6 +271,7 @@ pub fn run() {
             commands::get_mcp_tool_permissions,
             commands::update_project_mcp_tool_permissions,
             commands::update_agent_mcp_tool_permissions,
+            commands::set_agent_mcp_tool_allowed,
             commands::open_terminal,
             commands::write_terminal,
             commands::resize_terminal,